Phường (11):Bích Đào · Đông Thành · Nam Bình · Nam Thành · Ninh Khánh · Ninh Phong · Ninh Sơn · Phúc Thành · Tân Thành · Thanh Bình · Vân Giang
Xã (3):Ninh Nhất · Ninh Phúc · Ninh Tiến

Phường (6):Bắc Sơn · Nam Sơn · Tân Bình · Tây Sơn · Trung Sơn · Yên Bình
Xã (3):Đông Sơn · Quang Sơn · Yên Sơn

Thị trấn (1):Me (huyện lỵ)
Xã (20):Gia Hòa · Gia Hưng · Gia Lạc · Gia Lập · Gia Minh · Gia Phong · Gia Phú · Gia Phương · Gia Sinh · Gia Tân · Gia Thanh · Gia Thắng · Gia Thịnh · Gia Tiến · Gia Trấn · Gia Trung · Gia Vân · Gia Vượng · Gia Xuân · Liên Sơn

Thị trấn (1):Thiên Tôn (huyện lỵ)
Xã (10):Ninh An · Ninh Giang · Ninh Hải · Ninh Hòa · Ninh Khang · Ninh Mỹ · Ninh Thắng · Ninh Vân · Ninh Xuân · Trường Yên

Thị trấn (2):Phát Diệm (huyện lỵ) · Bình Minh
Xã (24):Ân Hòa · Chất Bình · Cồn Thoi · Định Hóa · Đồng Hướng · Hồi Ninh · Hùng Tiến · Kim Chính · Kim Định · Kim Đông · Kim Hải · Kim Mỹ · Kim Tân · Kim Trung · Lai Thành · Lưu Phương · Như Hòa · Quang Thiện · Tân Thành · Thượng Kiệm · Văn Hải · Xuân Chính · Yên Lộc

Thị trấn (1):Nho Quan (huyện lỵ)
Xã (26):Cúc Phương · Đồng Phong · Đức Long · Gia Lâm · Gia Sơn · Gia Thủy · Gia Tường · Kỳ Phú · Lạc Vân · Lạng Phong · Phú Long · Phú Lộc · Phú Sơn · Quảng Lạc · Quỳnh Lưu · Sơn Hà · Sơn Lai · Sơn Thành · Thạch Bình · Thanh Lạc · Thượng Hòa · Văn Phong · Văn Phú · Văn Phương · Xích Thổ · Yên Quang

Thị trấn (1):Yên Ninh (huyện lỵ)
Xã (18):Khánh An · Khánh Công · Khánh Cư · Khánh Cường · Khánh Hải · Khánh Hòa · Khánh Hội · Khánh Hồng · Khánh Lợi · Khánh Mậu · Khánh Nhạc · Khánh Phú · Khánh Thành · Khánh Thiện · Khánh Thủy · Khánh Tiên · Khánh Trung · Khánh Vân

Thị trấn (1):Yên Thịnh (huyện lỵ)
Xã (16):Khánh Dương · Khánh Thịnh · Khánh Thượng · Mai Sơn · Yên Đồng · Yên Hòa · Yên Hưng · Yên Lâm · Yên Mạc · Yên Mỹ · Yên Nhân · Yên Phong · Yên Thái · Yên Thành · Yên Thắng · Yên Từ